为解析SUV39家族组蛋白甲基转移酶的转录图谱，系统分析了The Cancer Genome Atlas（TCGA）数据库中33种肿瘤类型的SUV39H1与SUV39H2表达水平（log₂ TPM）。肿瘤组织与配对正常组织间表达水平比较显示，二者在多种恶性肿瘤中均呈现特征性上调。
SUV39H1在多种实体瘤中广泛且显著上调，包括乳腺浸润性癌（BRCA）、胆管癌（CHOL）、食管癌（ESCA）、多形性胶质母细胞瘤（GBM）、肾透明细胞癌（KIRC）、肝细胞癌（LIHC）、肺腺癌（LUAD）、肺鳞状细胞癌（LUSC）、胃腺癌（STAD）及子宫体子宫内膜癌（UCEC）（图1a）。其上调幅度在KIRC、GBM与CHOL中尤为显著，SUV39H1表达水平较邻近正常组织高数倍（p < 0.001）。
同步分析显示，SUV39H2亦呈上调趋势，但其表达模式更具肿瘤类型特异性，在BRCA、CHOL、ESCA、GBM、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）、KIRC、LIHC、LUAD与STAD中显著升高（图1b）。值得注意的是，SUV39H2在睾丸生殖细胞肿瘤（TGCT）与肾癌中表达显著增强，与其已知的生殖系相关性及增殖依赖性表达特征一致。
重要的是，在具备转移灶样本的队列（如SKCM、UVM与BRCA）中，转移性肿瘤同样呈现SUV39H1与SUV39H2高水平表达，提示二者可能参与转移进展过程，并在晚期疾病状态下维持染色质重编程（图1a, b）。
在HNSC队列中，当HPV状态信息可得时，观察到明确的表达差异：HPV阴性肿瘤中SUV39H1与SUV39H2表达显著高于HPV阳性肿瘤。上述结果表明，SUV家族甲基转移酶上调可能优先富集于HPV非依赖性致癌通路，并潜在关联HNSC中染色质驱动的肿瘤发生机制。
综合可视化图谱（图1c）整合展示了两种酶在各肿瘤类型中的log₂倍变化值（log₂FC）与校正后显著性（–log₁₀ p-adj）。总体而言，SUV39H1在更多癌种中表现出更一致、更高幅度且更显著的上调，提示其为该家族中更为普遍失调的成员；而SUV39H2则呈现更强但更具选择性的上调，尤其集中于生殖细胞来源、肾源性及肝源性肿瘤，反映其存在组织或谱系特异性的转录调控。图1c中log₂FC红色强度梯度进一步凸显该差异：SUV39H1在上皮性及实体瘤中广泛升高，而SUV39H2峰值表达则局限于TGCT、KIRC与LIHC等特定肿瘤类型。
综上，上述数据确立SUV39H1与SUV39H2在人类癌症中普遍存在过表达现象，其中SUV39H1呈现广泛且一致的失调，而SUV39H2表现为强效但癌种限制性激活。二者在原发与转移性肿瘤中均持续高表达，且表达水平受HPV状态影响，提示其可能通过促进表观遗传重编程、染色质致密化及核结构重塑，进而支持恶性进展。上述发现揭示SUV39H1与SUV39H2在人类癌症中具有既独立又部分重叠的表达特征，强调其潜在致癌作用及染色质调控功能。为进一步探究该失调的临床意义，后续评估了SUV39H1与SUV39H2表达水平在TCGA各癌种中的预后价值。
2. SUV39H1与SUV39H2表达水平的泛癌预后意义为确定SUV39H1与SUV39H2上调的临床相关性，进一步评估其与总生存期（OS）及无病生存期（DFS）在TCGA各癌种队列中的关联性。
泛癌层面分析显示，SUV39H1与SUV39H2高表达患者OS与DFS均显著短于低表达患者（log-rank p < 0.001）（图2a），表明任一甲基转移酶表达升高均广泛关联不良预后。
为系统识别癌种特异性预后关联，对33种癌症开展单因素Cox回归分析（图2b）。热图结果显示，SUV39H1过表达与肾上腺皮质癌（ACC）、多形性胶质母细胞瘤（GBM）、肉瘤（SARC）、肾透明细胞癌（KIRC）、肝细胞癌（LIHC）及肺腺癌（LUAD）的OS与DFS缩短显著相关（图2b）。SUV39H2虽整体关联性较少，但在GBM、睾丸生殖细胞肿瘤（TGCT）、SARC与ACC中呈现显著负向预后效应，凸显其在特定肿瘤背景下的重要性（图2b）。
各癌种Kaplan–Meier分析进一步验证上述关联。DFS分析显示，SUV39H1高表达显著预测ACC、KIRC、前列腺腺癌（PRAD）及子宫体子宫内膜癌（UCS）患者生存期缩短（图2c）；SUV39H2高表达队列在ACC、GBM、SARC与TGCT中亦呈现更差DFS结局（图2d），支持其在肿瘤复发与进展中的作用。
OS分析呈现一致趋势：SUV39H1高表达患者在ACC、宫颈鳞状细胞癌（CESC）、皮肤黑色素瘤（SKCM）及葡萄膜黑色素瘤（UVM）中OS显著降低（图2e）；SUV39H2高表达亦与ACC、乳腺浸润性癌（BRCA）、肾嫌色细胞癌（KICH）、LIHC、LUAD、间皮瘤（MESO）、SARC及甲状腺癌（THCA）的不良OS显著相关（图2f）。值得注意的是，在全部癌种中，ACC、GBM与SARC被识别为高危癌种，其中SUV39H1与SUV39H2共高表达与显著缩短的OS及DFS高度相关，提示二者在驱动侵袭性肿瘤表型过程中可能存在协同或代偿性功能。
综上，SUV39H1与SUV39H2过表达与多种癌症不良临床结局显著相关，其中SUV39H1呈现更广泛的预后影响，而SUV39H2则表现出癌种限制性但强效的效应。上述结果确立SUV39家族为独立预后指标及多种恶性肿瘤中潜在的表观遗传驱动因子。
3. SUV39H1与SUV39H2在卵巢癌中上调并预测不良生存鉴于SUV39H1与SUV39H2在泛癌分析中持续关联不良预后，后续聚焦于卵巢癌——最具侵袭性的妇科恶性肿瘤之一。卵巢癌目前仍为印度女性癌症相关死亡第三大原因[36]，主要归因于晚期诊断、广泛腹膜转移及化疗后高复发率。其亚型中，高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）占全部病例70–80%，以基因组不稳定性显著、TP53突变频发及表观遗传广泛失调为特征。
鉴于染色质修饰酶在调控基因组稳定性与基因表达中的关键作用，提出假说：SUV39家族组蛋白甲基转移酶活性异常可能促成卵巢肿瘤的侵袭性表型。此外，妇科恶性肿瘤常伴随染色质状态及核纤层相关异染色质改变，使该癌种成为研究SUV家族酶核结构功能的理想模型。
为此，首先利用TCGA与GEO（GSE27651）数据库，比较卵巢癌组织与正常卵巢组织中SUV39H1与SUV39H2表达水平。TCGA卵巢癌队列中，SUV39H1与SUV39H2在肿瘤组织中较正常对照显著上调（p = 2.85×10⁻³⁸与p = 1.48×10⁻⁵⁰）（图3a, 3b）。GSE27651数据集（含正常卵巢表面上皮OSE，n=6；HGSOC，n=22）结果一致：HGSOC样本中SUV39H1与SUV39H2 mRNA水平均显著升高（****p < 0.0001）（图3c, 3d）。上述结果证实，SUV39家族成员在独立数据集中均稳定过表达，提示该恶性肿瘤中存在保守的表观遗传改变。
继而开展Kaplan–Meier生存分析以评估其预后价值。如图3e所示，SUV39H2高表达与较差总生存显著相关（风险比[HR] = 3.27，95% CI = 1.33–8.03；log-rank p = 0.0066），高表达组中位生存期为30个月，显著短于低表达组的143个月（图3e）。
SUV39H1高表达组亦呈现生存期缩短趋势（HR = 2.36；p = 0.11），但未达统计学显著性（图3f），可能源于队列规模较小或两旁系同源物功能贡献差异。综上，SUV39H1与SUV39H2在卵巢癌中均发生转录水平上调，且SUV39H2表达尤可作为患者不良预后的强效预测指标。上述数据确立SUV39家族为卵巢肿瘤发生的潜在表观遗传驱动因子，为其功能与机制研究提供依据。
采用Western blot检测多种卵巢癌细胞系（A2780、IGROV1、OVCAR3、OVCAR4、OVCAR5与OVCAR8）中SUV39H2蛋白表达。特异性抗体探查显示，A2780细胞系呈现最强且最密集的SUV39H2条带（图3g），表明其蛋白水平显著高于其余细胞系。相比之下，IGROV1与OVCAR4细胞系SUV39H1表达较高，而OVCAR3与OVCAR5仅见微弱SUV39H1条带，提示表达极低（图3g）。β-actin作为上样对照在所有样本中稳定表达。上述结果确立A2780为研究SUV39H2相关功能的最优模型，因其在所测试HGSOC细胞系中SUV39H2表达最高。然而，该实验分析受限于未纳入正常卵巢表面上皮细胞系，且侧重于卵巢癌细胞系间的内在异质性；未来研究需纳入非恶性卵巢上皮细胞，以建立SUV39H1/H2表达基线。
4. 卵巢癌中SUV39H2相关肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）浸润特征鉴于SUV39H2过表达与卵巢癌患者不良预后存在强关联，后续探索该不良临床结局的潜在机制。卵巢癌进展与治疗抵抗深受肿瘤免疫微环境（TIME）调控[37,38]，而染色质景观改变可重编程免疫相关基因表达并调节免疫细胞浸润[39–43]。尽管少量实验与多组学研究提示SUV39H2参与调控免疫与炎症通路[26,27]，其在塑造肿瘤免疫微环境中的基因特异性机制仍未明确。值得注意的是，近期一项针对口腔鳞状细胞癌的CRISPR/Cas9功能筛选将SUV39H2鉴定为溶瘤HSV-1治疗耐药性调节因子；其缺失可增强病毒复制并增加瘤内CD4⁺与CD8⁺ T细胞浸润，表明SUV39H2依赖性表观遗传抑制可影响抗病毒信号通路及T细胞介导的抗肿瘤免疫[44]。然而，SUV39H2所调控的更广泛免疫基因网络尚未完全阐明。
为确定SUV39H2表达是否关联泛癌及卵巢癌中免疫浸润改变，利用TISIDB平台开展综合性分析，整合肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）谱与基因表达数据。该分析旨在评估SUV39H2表观遗传激活是否促成卵巢癌免疫抑制表型。后续结果（见下文）揭示，SUV39H2高表达与多种T细胞、B细胞、NK细胞及髓系细胞亚群显著减少相关，提示SUV39H2可能主动塑造免疫排斥型肿瘤微环境。利用TISIDB平台分析SUV39H2基因表达与卵巢癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）丰度的关系（图4）。散点图数据显示，SUV39H2表达与肿瘤微环境中多数免疫细胞类型的浸润水平呈主导性负相关（图4）。具体而言，SUV39H2高表达与关键免疫群体显著减少相关，包括中央记忆型与效应记忆型CD4⁺与CD8⁺ T细胞、辅助性T细胞亚群（Th1、Th17）、滤泡辅助性T细胞（Tfh）、调节性T细胞（Tregs），以及未成熟与活化B细胞（图4）。自然杀伤（NK）细胞及多种髓系细胞——包括中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、单核细胞与巨噬细胞——浸润亦随SUV39H2水平升高而减少。其中，效应记忆型CD8⁺ T细胞与嗜酸性粒细胞呈现最强负相关性。值得注意的是，两类免疫细胞——活化CD4⁺ T细胞与辅助性T细胞2型（Th2）——与SUV39H2表达呈正相关，提示该基因存在选择性免疫调控作用（图4）。
上述结果提示，SUV39H2表达升高可能通过广泛降低多种免疫细胞亚群浸润，促成卵巢癌免疫抑制微环境，从而促进肿瘤免疫逃逸。进一步分析SUV39H2基因启动子区DNA甲基化状态与卵巢肿瘤中TIL丰度的相关性。DNA甲基化通常抑制基因活性，其与γδ T细胞（Tgd）及Th2细胞浸润增加呈微弱正相关趋势，但统计学支持不足。相反，SUV39H2启动子DNA甲基化与中性粒细胞浸润呈较强负相关（图S2），表明启动子高甲基化与中性粒细胞浸润减少相关。此结果与前述表达数据分析（图4中SUV39H2表达与中性粒细胞浸润呈强负相关）形成表面矛盾。值得注意的是，SUV39H2甲基化数据集样本量有限（*n* = 9），且所有检测CpG位点β值均普遍偏低，提示该启动子在所分析样本中整体处于低甲基化状态。在此背景下，甲基化微小变异可能产生统计学显著但生物学意义微弱的免疫浸润相关性。相较之下，SUV39H2 mRNA表达在更大规模队列中检测，与中性粒细胞浸润呈强且一致的负相关，支持SUV39H2活性与肿瘤免疫微环境之间存在更稳健的生物学关联。此外，效应型与中央记忆型CD8⁺ T细胞、未成熟B细胞、浆细胞样树突状细胞（pDCs）、未成熟树突状细胞（iDCs）、活化CD8⁺与CD4⁺ T细胞及活化B细胞亦呈现较弱负相关趋势（图S2）。
必须指出，上述关于启动子DNA甲基化的观察基于仅9例卵巢癌患者的有限数据集，其普适性受限。相关性分析应谨慎解读，因其无法确立因果关系，且可能受其他生物学因素干扰。尽管如此，数据初步提示SUV39H2启动子DNA甲基化可能调节卵巢肿瘤免疫景观，对肿瘤免疫逃逸具潜在意义。未来需开展大规模研究以验证并阐明SUV39H2启动子DNA甲基化对卵巢癌免疫浸润的功能影响。
5. SUV39H1/2在卵巢癌及泛癌队列中与B型核纤层蛋白的相关性鉴于SUV39H2过表达与卵巢癌免疫抑制微环境存在关联，后续考察这些甲基转移酶是否亦影响核结构组分——后者为基因组组织与染色质稳定性核心要素。由于核纤层蛋白（尤其Lamin B1 [LMNB1]与Lamin B2 [LMNB2]）是核结构及核周异染色质锚定的关键决定因子，且在多种癌症中普遍上调[45]，故在卵巢癌及泛癌队列中探究SUV39家族酶与核纤层蛋白基因的转录相关性。
相关性分析显示，SUV39H1与SUV39H2之间，以及B型核纤层蛋白（LMNB1与LMNB2）与SUV39H1/SUV39H2之间均存在中至强正相关，提示存在协调性调控关系（图5a, b）。在卵巢癌中，SUV39H2表达与LMNB1（R = 0.49）及LMNB2（R = 0.42）相关，SUV39H1亦呈现相似相关性（R = 0.40与R = 0.39）（图5e, f）。该关联在泛癌数据集中进一步增强：SUV39H2与LMNB1（R = 0.56）及LMNB2（R = 0.47）相关，SUV39H1与LMNB1（R = 0.56）及LMNB2（R = 0.52）相关（图5c, d）。多种癌种中的一致模式提示，SUV39酶与B型核纤层蛋白在肿瘤发生过程中维持核结构组织方面存在保守性功能关联。
相比之下，编码Lamin A/C的LMNA与两种甲基转移酶均呈微弱或可忽略相关性。在卵巢癌中，SUV39H2与LMNA呈轻微负相关（R = –0.098）（图5e），泛癌队列中相关性亦极低（SUV39H2：R = –0.02；SUV39H1：R = 0.15）（图5c, d）。重要的是，Lamin A表达在多种癌症（包括乳腺癌[46]、结直肠癌[47]及卵巢癌[48]）中普遍下调，其降低与核变形性增加、转移播散及不良预后相关。相反，Lamin A高表达与患者生存改善及更分化肿瘤表型相关，凸显其潜在抑癌功能[49]。前期研究已证实，B型核纤层蛋白在多种恶性肿瘤中过表达，而A型核纤层蛋白（包括卵巢癌）在多数恶性肿瘤中表达下调[45]。
鉴于SUV39H1与SUV39H2催化H3K9三甲基化（H3K9me3）以促进异染色质形成与基因沉默，SUV39表达与Lamin A呈反向趋势提示，Lamin A可能为SUV39H1/H2介导表观遗传调控的下游候选靶标。此类调控可能促进染色质压缩与核结构重塑，使肿瘤细胞获得更高可塑性与侵袭性表型。
功能层面，SUV39H1/2与B型核纤层蛋白的正相关性提示二者在维持抑制性核结构组织中存在协同作用；而与Lamin A/C的负相关性则凸显SUV39过表达可能导致核刚性丧失与肿瘤适应性增强的潜在机制。综上，上述结果揭示SUV39H1/2与B型核纤层蛋白（LMNB1、LMNB2）在卵巢癌及其他癌症中存在稳健共表达关系，提示其在维持核结构完整性与异染色质抑制中发挥协调作用；而Lamin A/C与SUV39H1/2表达的反向关联可能代表一种适应性机制，通过促进核变形性与表观遗传可塑性以增强恶性进展。
6. 菌素（Chaetocin）介导的SUV39H2抑制上调卵巢癌细胞中Lamin A表达基于SUV39H家族成员与A型核纤层蛋白的负相关性观察，后续实验性探究SUV39H2活性是否关联核纤层组分，特别是核纤层蛋白。为此，采用真菌代谢产物菌素（chaetocin）——一种SUV39H1/2抑制剂——处理卵巢癌A2780细胞（浓度300 nM与600 nM），检测Lamin A与Lamin C蛋白表达。选择A2780细胞进行菌素处理，因其在所测试HGSOC细胞系中内源性SUV39H2蛋白表达最高，可提供最敏感的SUV39H2依赖性调控效应检测体系。菌素采用亚细胞毒剂量，旨在诱导表观遗传改变而非细胞杀伤。
Western blot分析显示，在A2780卵巢癌细胞中，菌素药理学抑制SUV39H2导致Lamin A/C蛋白水平呈剂量依赖性上调。300 nM菌素处理下Lamin A蛋白表达基本不变，而600 nM处理组蛋白表达显著升高，表明SUV39H2酶活性抑制与Lamin A蛋白表达增加相关（图6a, b）。类似地，Lamin C蛋白表达亦呈现可比模式：300 nM处理组轻度升高，600 nM处理组显著诱导，提示SUV39H2抑制可解除Lamin A/C蛋白表达的抑制（图6a, b）。值得注意的是，菌素处理（300–600 nM）未改变Lamin B1蛋白水平（图S3b），表明该处理对B型核纤层蛋白无表观遗传调控作用。上述结果支持SUV39H2活性与Lamin A/C蛋白表达之间存在潜在表观遗传调控关联，即SUV39H2可能作为LMNA转录或稳定性负调控因子，进而影响核结构与癌细胞表型。为确认菌素有效抑制SUV39H1/H2催化活性，检测药物处理后全局H3K9me3水平。免疫印迹显示，与未处理对照组相比，600 nM（p < 0.001）及300 nM（p < 0.01）菌素处理的A2780细胞中H3K9me3水平显著降低（补充图S4a–c），证实SUV39介导的异染色质沉积功能受抑。H3K9me3丢失与Lamin A及Lamin C上调同步发生，支持SUV39H1/H2驱动的染色质抑制与核纤层重塑之间的机制关联。为进一步确定Lamin A（LMNA）是否嵌入抑制性异染色质（H3K9me3）区域，分析GEO数据库（GSE273903）公开ChIP-seq数据。该分析揭示A2780细胞中LMNA启动子区H3K9me3修饰显著富集（补充图S5a），而作为阴性对照的管家基因GAPDH启动子区H3K9me3耗竭（补充图S5b），表明LMNA在A2780卵巢癌细胞中受异染色质介导的表观遗传抑制。鉴于SUV39H1与SUV39H2是核纤层相关染色质H3K9me3沉积的主要酶，上述数据符合如下表观遗传模型：SUV39依赖性H3K9三甲基化可能促成卵巢癌中LMNA沉默。尽管该结果支持SUV39H依赖性LMNA抑制，但未评估菌素处理后LMNA启动子区H3K9me3占据情况，此为当前研究局限。
免疫荧光显微镜进一步佐证上述发现。未经处理的A2780细胞呈现典型的环状外周Lamin A定位，符合其核膜分布特征；600 nM菌素处理后，Lamin A染色强度明显增强，定量分析证实其荧光强度较对照组显著升高（p < 0.01）（图6c, d）。值得注意的是，核定位模式保持完整，表明所观察到的增强反映蛋白表达升高而非错位或结构破坏。线扫描分析进一步验证该发现，并揭示核外周Lamin A强度差异，提示SUV39H1/H2抑制细胞中Lamin A蛋白表达升高（图6d）。
综上，上述结果表明SUV39H2抑制与卵巢癌细胞中Lamin A蛋白水平升高相关，提示SUV39H2介导的组蛋白甲基化与核纤层完整性之间存在调控轴。Lamin A与Lamin C所呈现的剂量依赖性及亚型特异性效应，凸显表观遗传酶与结构性核蛋白间复杂互作，为SUV39H2如何促成核结构重塑及肿瘤进展提供机制性见解。然而，鉴于本研究未评估LMNA转录本水平且分析限于蛋白检测，SUV39H1/H2对LMNA的直接转录调控尚无法在此阶段确证。
